X-Men '97 ist die Fortsetzung von "X-Men: The Animated Series" aus den Jahren 1992-1997. Die Handlung beginnt ein Jahr nach den Ereignissen im Finale, in dem Professor X (Stimme im englischen Original: Ross Marquand) sowohl seine X-Men als auch die Erde verließ. Scott Summers a.k.a. Cyclops (Ray Chase) muss nun als neuer Anführer der X-Men das Erbe von Charles Xavier antreten. Eine neue militante Gruppe, die gegen Mutanten ist - die "Friends of Humanity" - sorgen dabei von Anfang an für Schwierigkeiten. Doch das ist nichts im Vergleich zur Ankunft von Schurke Magneto (Matthew Waterson), der - laut Xaviers Testament - die Führung über die X-Men übernehmen soll.